主要区别是，性质不同、作用与意义不同、特点不同，具体如下：
一、性质不同
1、配送
配送是根据需求把货送到指定地点的过程。
2、运输
运输是指用特定的设备和工具，将物品从一个地点向另一个地点运送的物流活动。
3、仓储
仓储是指通过仓库对物资及其相关做扮毕设施设备进行物品的入库、储存、出库的活动。
二、作用与意义不同
1、配送
①、配送提供的是物流服务，因此满足顾客对物流服务的需求是配送的前提。由于在买方市场条件下，顾客的需求是灵活多变的，消费特点是多品种、小批量的，因此从这个意义上说，配送活动绝不是简单的送货活动，而应该是建立在市场营销策划基础上的企业经营活动。
②、由于在买方市场条件下，顾客的需求是灵活多变的，消费特点是多品种、小批量的，因此单一的送货功能，无法较好地满足广大顾客对物流服务的需求，因此配送活动是多项物流活动的统一体。
2、运输
是在不同地域范围内，以改纯芹变物的空间位置为目的对物进行的空间位移。通过这种位移创造商品的空间效益，实现其使用价值，满足社会的不同需要。
3、仓储
仓储是产品生产、流通过程中因订单前置或市场预测前置而使产品、物品暂时存放。它是集中反映工厂物资活动状况的综合场所，是连接生产、供应、销售的中转站，对促进生产的提高效率起着重要的辅助作用。
三、特点不同
1、配送
配送是物流活动中一种非单一的业务形式，它与商流、物流、资金流紧密结合，并且主要包括了商流活动、物流活动和资金流活动，可以说他是包括了物流活动中大多数必要因素的一种业务形式。从物流来讲，缺扰配送几乎包括了所有的物流功能要素，是物流的一个缩影或在某小范围中物流全部活动的体现。一般的配送集装卸、包装、保管、运输于一身，通过这一系列活动完成。
2、运输
各种运输方式之间可以相互补充。
3、仓储
仓储是物流、信息流、单证流的合一。仓储是商品流通的重要环节之一，也是物流活动的重要支柱。
参考资料来源：百度百科-配送
参考资料来源：百度百科-运输
参考资料来源：百度百科-仓储